第19集
严嵩试药成功,将药给皇帝服用,皇后赶来阻止不果,严嵩认为又是李时珍搞鬼,对他更加怀恨在心.
李时珍以为冬青和庞宪在一起, 了不防碍她而处处躲着冬青,令冬青非常伤心,竟去质问李时珍,被慕榕看到,心神恍惚.冬青不想伤害慕榕，向慕榕解释只是自己单恋李时珍,并决定考虑和庞宪在一起.李时珍和庞宪发现波斯店有古怪.
第20集
有人因为试药而死,李果珍也因为试药发病,庞百川带人查封波斯店,但已人去楼空.严嵩更派人刺杀李时珍.李时珍等向皇帝进言丹药有问题,但皇帝却不相信.冬青情难自禁，将抑压在内心的感情向李时珍说出，榕目睹，更听到冬青的话，知道他们曾经相恋，顿感晴天霹雳,伤心离去.冬青为此伤心刺激过度,得了爆盲症..
第21集
皇帝因为服用丹药竟神智模糊,产生幻觉,却仍然不相信丹药有毒.严嵩为要皇帝相信金丹无害，只好每次都以身试药，引致体内存有毒素。小地藏和李时珍偷看严嵩运功排毒,正巧碰到严嵩走火入魔,小地藏乘机帮忙严嵩,并假意与李时珍闹翻,取得严嵩信任,打听炼丹情况.慕榕了解到事情真相,知道冬青也没有错,又发现冬青失明,诚心帮助冬青.
第22集
慕榕写下休书让李时珍签字,但李时珍拒绝休了慕榕.严嵩父子对小地藏有所怀疑,并试探到小地藏果然有问题.慕榕鼓励冬青为自己治病,但药材中缺了蚯蚓,她独自去河边挖蚯蚓,慕榕知道,焦急不已,脱口说出冬青眼睛有事.慕榕不肯让李时珍帮忙医治眼睛,李时珍只有拜托庞宪帮忙.
第23集
冬青的眼睛终于治好了,她决定离开京城,而慕榕听到冬青要离开京城,也打算回蕲州成全李时珍和冬青.严嵩利用小地藏的解药配方设下毒计,侮蔑李时珍毒害皇上.嵩命川缉捕李家之余，亦要搜出本草纲目以删去内里反对丹药的言论。慕榕带着本草纲目的草稿逃亡,被官兵追捕,为了保护草稿,竟跳下水去.
第24集
庞宪气恼父亲带人抓人,但庞百川称自己只是听从皇命,两父子闹僵.及后楚王父子和庞百川为李时珍亲人求情,皇帝放过李时珍亲人,庞宪明白误会了父亲.慕榕跳水被救,马上与庞宪等联络,商量救李时珍的方法.冬青利用严世藩对她有好感并在大王子的帮助下,成功用调虎离山之计救出了李时珍.严世藩发现中计,亲自带追兵追捕李时珍,庞宪只好让李时珍和慕榕先逃,他和冬青引开严世藩,两人终于成功摆脱严世藩,从此李时珍和慕榕,庞宪和冬青开始了逃亡之路.途中李时珍为了医治病人,竟泄漏了自己的行踪.冬青精神紧张令眼疾复发，宪细心照料。李时珍不想连累慕榕，取出休书欲与她离婚，慕榕错愕。
第25集
严世藩带人到蕲州抓人,庞宪和冬青也刚逃到蕲州,发现了官兵急忙去通知李时珍逃跑.逃跑途中,慕榕为了救李时珍替他挡了一箭,在众村民的帮助下,四人暂时逃脱.四人躲在村屋中为慕榕疗伤.官兵搜查到村屋,李时珍让庞宪和冬青带走真的本草手稿,而他则拿着假的手稿照顾受伤的慕榕,终被官兵捉走,假手稿被烧.行刑当日,大王子及时赶到,带来皇帝手谕,李时珍无罪释放.原来楚王被丹药害死,还有院使大人力程丹药的确有害,终于使皇帝醒悟到丹药的害处,但严家父子仍然逃脱罪名.李时珍向慕榕表明自己最爱的是她,但慕榕和冬青都决意飘然远去……
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