在遥远的未来，随着南极冰层的融化，一万两千年前随亚特兰帝斯大陆深入海底的有翼种族“堕天翅族”突然出现，他们携带着生物机械兵器“神话兽”不断袭击人类，夺取他们身体中的生体能量“普拉纳”，这场浩劫造成2/3的人死于非命。

从此地球开始了“创圣纪”纪元，人类在强大敌人的攻击下苟延残喘。创圣纪0011年随着海底遗迹发现的三台神秘机体“超刃— VcetorMachine”的出现，人类终于有了反击的希望。VcetorMachine是一万两千年前灭亡堕天翅族的传说兵器，并且可以三台合体成为巨大的“机械天使Aquarion”，拥有十分强大的战力。而要能驾驭VcetorMachine，则需要能与这些机械生命产生感应并共鸣的 “Element”，也就是拥有特殊体质的人类。他们的特点是拥有敏锐的五感以及纯净的灵魂，并且是十来岁的年轻男孩女孩……8个少男少女就作为 Element集合在了一起，究竟人类与堕天翅族间的战斗将去向何方？