剧场版《魔法禁书目录》作为ASCII Media Works创立20周年的纪念作品，由曾制作了《零之使魔》系列、《少年同盟》等作品的J.C.STAFF负责制作，并沿用TVA的声优阵容，比如阿部敦、井口裕香、佐藤利奈、伊藤静等等。早前这部剧场版制作决定时就曾表示上映时间为2013年2月。而如今官网更新中则公开了具体上映日期为2013年2月23日，并同时刊登首批预定放映本片的29家电影院。

　　剧场版《魔法禁书目录》的剧情是镰池和马原创的故事，讲述了学园都市制造的宇宙电梯“Endymion”完成在即的某一天，上条当麻与茵蒂克斯偶遇了同样是“吃货”的无能力者（LV.0）的Arisa。所谓志趣相投，三人很快就成为了好伙伴。就在三人享受放学后的愉快时光之时，带领着魔术师的史提尔突然攻击了他们。而本次袭击的目标正是Arisa。为何身为科学世界的Arisa会被魔法世界的人追击？她有着什么秘密呢？在科学与魔术交叉之时，以“Endymion”为舞台的故事开始了……