在平行的空间里，恋人们的命运穿越时空交汇到一起，一段新的传奇故事展开了。(MACROSSII 平行世界)
神崎乡是SNN网络的一位单纯追求收视率的记者，对于地球联合军的一切充满好奇。一次，竟被他拍到艾西支兰司令与地球联合军王牌飞行员苏菲智娜出入酒店的照片，并捏造二人有着不寻常的关系。军方更为此而伤透脑筋。一部分杰特拉帝军一直视地球为最大的敌人，于是派出了受其控制的马路多古军队向地球展开攻击，在地球联合军迎战马路多古军队的同时，SNN派出经验丰富的战地记者迪尼斯，以及嚷着要参与这次采访的神崎乡负责采访。在这次战斗中，地球联合军仍然想利用歌声来打败敌人，却不料敌人也已经有了自己的文化，在马路多古军队中的歌巫女的歌声中，地球联合军遭到了重创。潜入了敌方舰队迪尼斯及神崎乡带走了一位属于敌方的女孩，但迪尼斯不幸牺牲，受他的影响，神崎乡懂得了新闻必须是真实的，并决心把地球联合军战败的事实告诉大众。被神崎乡带回地球的女孩名叫伊丝蒂，是马路多古的公主，并且也是一名歌巫女。她被带到地球后逐渐喜欢上了地球的生活和文化，而且还爱上了神崎乡...因为地球联合军已在没有与敌人对抗的能力，在迫不得已的情况下，艾西支兰司令决定委派苏菲中尉，加上神崎乡的协助，私自开动超时空要塞去攻击敌人的主舰。现在，战斗已到了最危急的关头，马路多古军队已经取得了压倒性的优势，地球联合军几乎死伤殆尽，超时空要塞的主炮亦发射过一次(正中敌方主舰，敌方主舰却毫发无损)，这时，伊丝蒂突然站在了在绝望中忽然明白了自己真正感情的神崎乡和苏菲智娜的面前，并告诉他们原来超时空要塞竟是传说中的“艾丝之舟”，而爱也是推动超时空要塞的力量之一。伊丝蒂用自己的心声阻止了马路多古军队对地球的破坏，而杰特拉帝人却用自己强大的武器毁灭了超时空要塞，并强迫马路多古军队继续破坏地球，在千钧一发之际，伊丝蒂站在超时空要塞残破的舰桥上唱起了もラぃちど LOVE YOU这首歌，将自己的和平心声传遍马路多古军队。马路多古军队终于觉醒了，他们反戈一击，消灭了杰特拉帝军，宇宙终于又一次恢复了和平。